Lahirnya SMK Negeri 2 Negara tidak terlepas dari keberadaan sekolah pertanian di Negara, yang bernama STM Pertanian PGRI Negara yang sudah berdiri sejak tahun 1980-an yang didirikan oleh sejumlah orang pendidikan di bawah pimpinan Bapak I Nyoman Tasna, BA yang waktu itu menjabat sebagai Kakandepdikbud, Kabupaten Jembrana.

Kondisi Jembrana sebagai daerah pertanian berkeinginan memiliki sekolah pertanian negeri yang baik dan maju yang dapat memajukan pertanian khususnya di Kabupaten Jembrana dan Bali pada umumnya. Dengan turunnya proyek PPKT IV oleh Direktorat Dikmenjer, maka Jembrana memanfaatkan kesempatan untuk membangun sekolah pertanian negeri, yang waktu itu mendapat lahan seluas 14 Ha. Tanah tersebut merupakan tanah bekas perkebunan dan peternakan milik Bapak Hendra Wijaya. Maka, mulai tahun 1992 dilakukan pembangunan dan selesai dan siap dipergunakan tahun 1994.

Berdasarkan SK nomer 0260 / O / 1994 / 05 Oktober 1994, SMK Negeri 2 Negara didirikan pada tahun pelajaran 1993/1994. Awalnya bernama Sekolah Menengah Teknologi Pertanian (SMTP) Jembrana, dengan membuka Jurusan Budidaya Tanaman, Budidaya Ternak dan Usaha Tani Terpadu,  dengan pejabat kepala sekolah sementara adalah I Ketut Semaraguna, B.A. Guru pengajar meliputi guru yang dikirim dari Jakarta sejak tahun 1984, ditambah 16 orang guru kejuruan dari Jakarta dan guru-guru yang sudah ada. 

Pada tahun pelajaran 1995/1996 Sekolah Menengah Teknologi Pertanian (SMTP) Jembrana berubah namanya menjadi Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Negeri 2 Negara, karena terjadi re-engineering program-program keahlian dari Direktorat. Dikmenjur Jakarta sehingga nama jurusan menjadi Program Keahlian, yang menjadi Kepala Sekolah saat itu Nurhawi.

Pada Tahun Pelajaran 1999/2000, Kepala Sekolah diganti oleh Drs. I Nyoman Sucipta. Pada tahun ini juga dibuka 2 Program Kehlian lagi yang pertama Program Keahlian Teknik Mekanik Otomotif (TMO) dan berikutnya Nautika Perikanan Laut (NPL). Mulai tahun ini SMK Negeri 2 telah membuka 4 Program Keahlian yaitu  1). Agronomi, 2). Peternakan, 3). Teknik Mekanik Otomotif, dan 4). Nautika Perikanan Laut.

Pada Tahun Pelajaran 2000/2001, SMK Negeri 2 Negara berganti Kepala Sekolah lagi  ke Drs. I Ketut Suama, sampai Tahun Pelajaran 2004/2005. Selanjutnya Kepala Sekolah SMK Negeri 2 Negara di pimpin oleh Drs. I Made Dwi Wahyudi. Pada tahun ini juga SMK Negeri 2 Negara menambah 1 (satu) lagi Program Keahlian lagi yaitu  Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan, sehingga ada 5 (lima) Program Keahlian saat itu yaitu; 

  1. Agronomi,
  2. Peternakan,
  3. Teknik Mekanik Otomotif,
  4. Nautika Perikanan Laut. Dan
  5. Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan.

Pada Tahun Pelajaran 2000/2007 SMK Negeri 2 Negara dipimpin oleh Drs. I Ketut Gunawan sampai dengan Tahun Pelajaran 2008/2009.

Pada bulan Juli 2009 kepala sekolah diganti oleh Drs. I Gede Suyatna, S.H., M.Pd sampai 5 April 2012, mulai tanggal 5 April 2012 SMK Negeri 2 Negara dipimpin oleh Ir. Yohanis Ano sampai tanggal 24 Desember 2014 dan digantikan oleh Ketut Suartika, S.Pd., M.Pd. sampai 12 Pebruari 2018. Dan kemudian digantikan oleh Adam Iskandar Bunga, S.T sampai sekarang.

SMK Negeri 2 Negara memiliki 5 (lima)  Program Keahlian dan 6 (enam)  Kompetensi Keahlian sampai sekarang  yaitu :

 Tabel Program Keahlian SMK Negeri 2 Negara